Desa Balongsari Asal Mulanya bernama Desa Rawagede mungkin pada waktu desa ini wilayahnya terdiri dari dataran yang berawa-rawa bahkan sampai sekarang pun masih ada peninggalannya Tanah Rawa tersebut yang sekarang menjadi tanah Makom Jaka Tingkir.

Mengingat perkembangan desa semakin mendesak akan kebutuhan masyarakat sehingga dataran yang tadinya berawa-rawa berubah menjadi dataran dan pesawahan.

Pada tahun 1947 nama Desa Rawagede dirubah namanya menjadi Desa Balongsari juga perlu diketahui bahwa Desa Balongsari merupakan Desa Perjuangan karena pada  itu desa ini di jajah tentara Belanda bahkan sampai sekarang masih nampak bekas peninggalannya. Yaitu berupa Taman Makam Sampurna Raga yang sekarang berdiri Monumen Perjuangan Rawagede.

Selanjutnya, Desa Balongsari pada waktu itu sebuah desa yang paling luas wilayahnya, pada tahun 1977 Desa Balongsari dimekarkan jadi Dua ( 2 ) Desa dengan Desa Mekarjaya, dan kemudian pada Tahun 1989 dimekarkan kembali dengan Desa Sekarwangi, sehingga Desa Balongsari yang tadinya sebuah wilayah nya sekarang menjadi desa yang paling terkecil wilayahnya